孙朋川

电子邮箱：sunpc@scu.edu.cn；sunpengchuan@gmail.com

教育和工作经历

2011.09–2015.06　华北理工大学，信息与计算科学专业，本科

2015.09–2018.03　华北理工大学，数学专业，硕士

2018.07–2020.07　华北理工大学，教辅（生物信息学）

2020.09–2023.12　四川大学生命科学学院，生物学专业，博士研究生

2024.01–2026.04　四川大学生命科学学院，科研助理

2026.05–至今　　四川大学生命科学学院，特聘副研究员

研究方向

长期从事植物核型演化与系统发育基因组学研究，形成了“方法工具开发—核型演化规律解析—物种多样性演化研究”的研究框架。开发了全基因组加倍检测、共线性分析与祖先核型重建方法与软件，支撑植物基因组演化研究；重建被子植物及十字花科、锦葵科等重要类群的祖先核型，解析古多倍化与染色体融合等结构变异在核型演化和物种分化中的作用；提出以共享染色体融合等结构重排为演化标记推断系统发育关系，并在十字花科等类群中验证。

学术兼职

Journal of Systematics and Evolution 青年编委

Plant Diversity 青年编委

BMC Genomics 特约编辑

期刊审稿人：Nature Communications、Cell Genomics、iMeta、Horticulture Research、Scientific Data 等

获奖及学术影响

WGDI获评Molecular Plant 2022年度最佳论文之一

5篇论文入选ESI高被引论文（其中WGDI同时为热点论文）

Google Scholar总引用3388次，H指数27（2026年9月）

科研项目

1. 国家自然科学基金委员会，青年科学基金项目，32500194，染色体融合位点介导的十字花科核型演化研究，2026.01–2028.12，30万元，主持

2. 国家自然科学基金委员会，面上项目，32070669，基于基因共线性的植物基因组学数据库建设研究，2021.01–2024.12，58万元，参与（排名第二）

代表性论文（#共同第一作者，*共同通讯作者；被引次数为Google Scholar统计）

1. Fu N#, Sun P#, Liu X#, Liu TJ, Wang YB, Li WM, Xiao TW, Chen ML, Li XN, Mi YY, Wang ZF, Rouard M, Ge XJ, Huang HR, Wang XF. Ancestral karyotype reconstruction provides insights into stepwise chromosome evolution and bract coloration in the banana family. Current Biology, 2026.（2026年8月24日在线发表，DOI: 10.1016/j.cub.2026.07.071）

2. Jiang X, Hu Q, Mei D, Li X, Xiang L, Al-Shehbaz IA, Song X, Liu J#, Lysak MA*, Sun P*. Chromosome fusions shaped karyotype evolution and evolutionary relationships in the model family Brassicaceae. Nature Communications, 2025, 16: 4631.（ESI高被引论文；被引25次）

3. Sun P, Lu Z, Wang Z, Wang S, Zhao K, Mei D, Yang J, Yang Y*, Renner SS*, Liu J*. Subgenome-aware analyses reveal the genomic consequences of ancient allopolyploid hybridizations throughout the cotton family. PNAS, 2024, 121(15): e2313921121.（第一作者；ESI高被引论文；被引54次）

4. Hu H#, Sun P#, Yang Y#, Ma J, Liu J. Genome-scale angiosperm phylogenies based on nuclear, plastome, and mitochondrial datasets. Journal of Integrative Plant Biology, 2023, 65(6): 1479–1489.（ESI高被引论文；被引69次）

5. Sun P#, Jiao B#, Yang Y, Shan L, Li T, Li X, Xi Z, Wang X*, Liu J*. WGDI: A user-friendly toolkit for evolutionary analyses of whole-genome duplications and ancestral karyotypes. Molecular Plant, 2022, 15(12): 1841–1851.（ESI高被引与热点论文；被引517次）

6. Wang Z#, Li Y#, Sun P#, Zhu M, Wang D, Lu Z, Hu H, Xu R, Zhang J, Ma J, Liu J*, Yang Y*. A high-quality Buxus austro-yunnanensis (Buxales) genome provides new insights into karyotype evolution in early eudicots. BMC Biology, 2022, 20: 216.（被引47次）

7. Ma J#, Sun P#, Wang D#, Wang Z, Yang J, Li Y, Mu W, Xu R, Wu Y, Dong C, Shrestha N, Liu J, Yang Y. The Chloranthus sessilifolius genome provides insight into early diversification of angiosperms. Nature Communications, 2021, 12: 6929.（被引149次）

8. Song X#, Sun P#, Yuan J#, Gong K, Li N, Meng F, Zhang Z, Li X, Hu J, Wang J, Yang Q, Jiao B, Nie F, Liu T, Chen W, Feng S, Pei Q, Yu T, Kang X, Zhao W, Cui C, Yu Y, Wu T, Shan L, Liu M, Qin Z, Lin H, Varshney RK, Li X, Paterson AH, Wang X. The celery genome sequence reveals sequential paleo-polyploidizations, karyotype evolution and resistance gene reduction in apiales. Plant Biotechnology Journal, 2021, 19: 731–744.（被引117次）

9. Li Y#, Sun P#, Lu Z, Chen J, Wang Z, Du X, Zheng Z, Wu Y, Hu H, Yang J, Ma J, Liu J, Yang Y. The Corylus mandshurica genome provides insights into the evolution of Betulaceae genomes and hazelnut breeding. Horticulture Research, 2021, 8: 54.（被引29次）

10. Yang Y#, Sun P#, Lv L, Wang D, Ru D, Li Y, Ma T, Zhang L, Shen X, Meng F, Jiao B, Shan L, Liu M, Wang Q, Qin Z, Xi Z*, Wang X*, Davis CC*, Liu J*. Prickly waterlily and rigid hornwort genomes shed light on early angiosperm evolution. Nature Plants, 2020, 6: 215–222.（ESI高被引论文；被引148次）