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曹 洋
作者: user -- 发布时间:2016/6/10 20:41:33

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曹洋 博士, 副教授

cy_scu.AT.yeah.net (为避免垃圾邮件,请把.AT.换成@)

 

研究兴趣

1)探索蛋白质的序列、结构、功能三者密切联系的奥秘

2)探索人工设计非天然蛋白质的方法,赋予其生物学特性

3)探索高效开发靶向药物的计算方法

4)探索在生物数据海洋中挖掘信息的方法

 

研究成果

1)提出基于碰撞回避的自适应迭代搜索算法,编写蛋白质结构预测软件CISRR ,该工作被写入为Springer出版社分子生物学丛书《Protein Structure Prediction》(第三版)。

2)提出基于Tolman length的溶剂模型和算法, 可广泛用于疏水作用的分析研究。

3)提出耐药突变预测算法,用于研究靶向药物失效的分子机制。

4)建立药物分子虚拟筛选计算平台,并在对AchE、MDM2、PB等多个重要蛋白抑制剂的研究中发现活性分子。

5)建立抗体计算分析平台,用于抗体改造和的人源化设计。

6)参与发展了一套以结构模板为基础的蛋白质三维结构预测计算平台,在 2010 年国际蛋白质结构预测比赛 CASP9 比赛中, 取得了当时国内历届参赛小组的最好成绩(小组排名第 9)。

 

工作经历:

2011-2014,四川大学,生命科学学院,讲师

2014-今,     四川大学,生命科学学院,副教授

 

教育经历:

2016-2017,美国密歇根大学,生物信息学,访学

2004-2010,中国科学院生物物理研究所,生物信息学,博士

2000-2004,西南交通大学,应用物理学,学士

 

主要论著:

1.         Cao Y*, Li L., Improved protein-ligand binding affinity prediction by using a curvature dependent surface area model, Bioinformatics, 30(12):1674-80. 2014

2.         Huang L#, Cao Y#, Zhou J, Qin K, Zhu W, Zhu Y, Yang L, Wang D, Wei H*, Shu Y*., A conformational restriction in influenza A virus neuraminidase binding site by R152 caused the combinational effect of I222T with H274Y on oseltamivir resistance. Antimicrob Agents Chemother. 58(3), 1639-1645, 2014 (#co-first author)

3.         Cao Y, Song L, Miao Z, Hu Y, Tian L, Jiang T*. Improved side-chain modeling by coupling clash-detection guided iterative search with rotamer relaxation. Bioinformatics. 27(6): 785-790. 2011

4.         Cao Y, Koh X, Dong L, Du X, Wu A, Ding X, Deng H, Shu Y, Chen J, Jiang T*. Rapid Estimation of Binding Activity of Influenza Virus Hemagglutinin to Human and Avian Receptors. PLoS One. 6(4):e18664. 2011

5.         Guo J#, Cao Y#, Qin K, Zhao X, Wang D, Li Z, Xin L, Shu Y, Zhou J. Limited effect of recombinant human mannose-binding lectin on the infection of novel influenza A (H7N9) virus in vitro. Biochem Biophys Res Commun.  458(1):77-81. 2015 (#co-first author)

6.         Bu C, Peng B, Cao Y, Wang X, Chen Q, Li J, Shi G. Novel and selective acetylcholinesterase inhibitors for Tetranychus cinnabarinus (Acari: Tetranychidae).Insect Biochem Mol Biol. 66:129-35. 2015

7.         Miao Z, Cao Y, Jiang T. "Modeling of protein side-chain conformations with RASP", Protein Structure Prediction, 3rd Edition (Methods in Molecular Biology), Edited by D. Kihara, ISBN: 978-1-4939-0365-8 (Print) 978-1-4939-0366-5 (Online). Springer, 2014

8.         Larson AM, Wang H, Cao Y, Jiang T, Chen J, Klibanov AM*. Conjugating drug candidates to polymeric chains does not necessarily enhance anti-influenza activity. J Pharm Sci. 101(10): 3896-905. 2012

9.         Miao Z, Cao Y, Jiang T*. RASP: rapid modeling of protein side chain conformations, Bioinformatics. 27(22): 3117-22. 2011

10.     Hu Y, Dong X, Wu A, Cao Y, Tian L, Jiang T*. Incorporation of local structural preference potential improves fold recognition. PLoS One. 6(2): e17215. 2011

11.     Zhao Y, Zhang Y, Cao Y, Qi J, Mao L, Xue Y, Gao F, Peng H, Wang X, Gao GF,  Ma Y*. Structural analysis of alkaline β-Mannanase from alkaliphilic Bacillus sp. N16-5: implications for adaptation to alkaline conditions. PLoS One. 6(1): e14608. 2011

12.     Du X, Wang Z, Wu A, Song L, Cao Y, Hang H, Jiang T. Networks of genomic co-occurrence capture characteristics of human influenza A (H3N2) evolution. Genome Research, 18(1): 178–187, 2008

 


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