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蔡浩洋
作者: user -- 发布时间:2015/3/25

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蔡浩洋,副研究员

 

E-mail: haoyang.cai@scu.edu.cn

 

研究领域:生物信息学,肿瘤基因组学

 

教育及工作经历

2014.09 – 至今             四川大学,生命科学学院,副研究员

2013.08 – 2014.07 苏黎世大学,瑞士生物信息研究所,博士后

2009.09 – 2013.07 苏黎世大学,分子生物学研究所,博士

2006.09 – 2009.06 四川大学,生命科学学院,理学硕士

2005.09 – 2007.12 电子科技大学,软件学院,工程硕士

1998.09 – 2002.06 西华大学,计算机学院,本科

 

研究方向

1. 肿瘤基因组生物信息学。通过测序和基因芯片的数据研究染色体的重组与突变,鉴定癌症的驱动基因,揭示其在肿瘤形成过程中的作用,促进癌症亚型的分类及临床诊断。

2. 生物医学大数据的整合与挖掘。分析并整合多个组学的数据,开展不同组学间的关联研究,包括基因组学、转录组学、表观遗传学、代谢组学等,进一步揭示癌症发生发展的分子机制。

3. 生物学数据库构建。处理并存储海量生物信息数据,开发在线统计分析及可视化工具,构建资源共享和数据管理平台。

 

代表性论文

1. Yang J, Liu J, Ouyang L, Chen Y, Liu B, Cai H*. CTLPScanner: a web server for chromothripsis-like pattern detection. Nucleic Acids Res. 2016 May 16. pii: gkw434.

2. Yang J, Deng G, Cai H*. ChromothripsisDB: a curated database of chromothripsis. Bioinformatics. 2016 May 1;32(9):1433-5.

3. Cai H*, Gupta S, Rath P, Ai N, Baudis M. arrayMap 2014: An updated cancer genome resource.Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D825-30.

4. Cai H, Kumar N, Bagheri H, von Mering C, Robinson MD, Baudis M. Chromothripsis-like patterns are recurring but heterogeneously distributed features in a survey of 22,347 cancer genome srceens.BMC Genomics. 2014 Jan 29;15(1):82

5. Cai H*, Kumar N, Ai N, Gupta S, Rath P, Baudis M. Progenetix: 12 years of oncogenomic data curation. Nucleic Acids Res. 2014 Jan 1;42(1):D1055-62

6. Cai H, Kumar N, Baudis M. arrayMap: a reference resource for genomic copy number imbalances in human malignancies. PLoS One. 2012;7(5):e36944

7. Kumar N, Cai H, von Mering C, Baudis M. Specific genomic regions are differentially affected by copy number alterations across distinct cancer types, in aggregated cytogenetic data. PLoS One. 2012;7(8):e43689

8. von Bueren AO, Gerss J, Hagel C, Cai H, Remke M, Hasselblatt M, Feuerstein BG, Pernet S, Delattre O, Korshunov A, Rutkowski S, Pfister SM, Baudis M. DNA copy number alterations in central primitive neuroectodermal tumors and tumors of the pineal region: an international individual patient data meta-analysis. J Neurooncol. 2012 Sep;109(2):415-23

9. Kumar N, Rehrauer H, Cai H, Baudis M. CDCOCA: a statistical method to define complexity dependence of co-occuring chromosomal aberrations. BMC Med Genomics. 2011 Mar 3;4:21

10. Li X, Cai H, Xu J, Ying S, Zhang Y. A mouse protein interactome through combined literature mining with multiple sources of interaction evidence. Amino Acids. 2010 Apr;38(4):1237-52

(* 通讯作者)


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