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研究领域：生物信息学，肿瘤基因组学
教育及工作经历
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2017.10 – 至今 |
四川大学，生命科学学院，研究员 |
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2014.09 – 2017.09 |
四川大学，生命科学学院，副研究员 |
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2013.08 – 2014.07 |
苏黎世大学，瑞士生物信息研究所，博士后 |
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2009.09 – 2013.07 |
苏黎世大学，分子生物学研究所，博士 |
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2006.09 – 2009.06 |
四川大学，生命科学学院，理学硕士 |
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2005.09 – 2007.12 |
电子科技大学，软件学院，工程硕士 |
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1998.09 – 2002.06 |
西华大学，计算机学院，本科 |
研究方向
1. 肿瘤基因组生物信息学。通过测序和芯片数据研究染色体的重组与基因突变，鉴定癌症的驱动基因，揭示其在肿瘤形成过程中的作用，促进癌症的临床诊断和治疗。
2. 生物医学大数据的整合与挖掘。分析并整合多组学数据，包括基因组、转录组、表观遗传组、代谢组等，揭示癌症发生发展的分子机制。
3. 生物学数据库构建。处理并存储海量生物信息数据，开发在线统计分析及可视化工具，构建资源共享和数据管理平台。
基金项目
1. 国家自然科学基金面上项目，肿瘤细胞染色体粉碎模型中的瘤内异质性与基因组进化，2018.01-2019.12
2. 国家自然科学基金联合基金，整合组学数据鉴定新疆维吾尔族宫颈癌关键基因变异及数据分析平台构建，2017.01-2019.12
3. 国家自然科学基金面上项目，“染色体粉碎”在肿瘤发生发展中的作用及其分子机制，2016.01-2019.12
4. 四川省科技厅应用基础研究，基于高通量组学方法鉴定四川食管癌高发区肿瘤的关键基因突变(面上)，2018.01-2020.12
代表性论文
1. Wang C, Yang J, Luo H, Wang K, Wang Y, Xiao ZX, Tao X, Jiang H, Cai H*. CancerTracer: a curated database for intrapatient tumor heterogeneity. Nucleic Acids Res. 2019; pii: gkz1061.
2. Wang K, Li H, Xu Y, Shao Q, Yi J, Wang R, Cai W, Hang X, Zhang C, Cai H*, Qu W*. MFEprimer-3.0: quality control for PCR primers. Nucleic Acids Res. 2019;47(W1):W610-W613.
3. Deng G, Yang J, Zhang Q, Xiao ZX, Cai H*. MethCNA: a database for integrating genomic and epigenomic data in human cancer. BMC Genomics. 2018;19(1):138.
4. Yang J, Liu J, Ouyang L, Chen Y, Liu B, Cai H*. CTLPScanner: a web server for chromothripsis-like pattern detection. Nucleic Acids Res. 2016;44(W1): W252-8.
5. Yang J, Deng G, Cai H*. ChromothripsisDB: a curated database of chromothripsis. Bioinformatics. 2016;32(9):1433-5.
6. Cai H*, Gupta S, Rath P, Ai N, Baudis M. arrayMap 2014: An updated cancer genome resource.Nucleic Acids Res. 2015;43(Database issue):D825-30.
7. Cai H, Kumar N, Bagheri H, von Mering C, Robinson MD, Baudis M. Chromothripsis-like patterns are recurring but heterogeneously distributed features in a survey of 22,347 cancer genome srceens. BMC Genomics. 2014;15(1):82
8. Cai H*, Kumar N, Ai N, Gupta S, Rath P, Baudis M. Progenetix: 12 years of oncogenomic data curation. Nucleic Acids Res. 2014;42 (Database issue): D1055-62.
9. Cai H, Kumar N, Baudis M. arrayMap: a reference resource for genomic copy number imbalances in human malignancies. PLoS One. 2012;7(5):e36944
10. Kumar N, Cai H, von Mering C, Baudis M. Specific genomic regions are differentially affected by copy number alterations across distinct cancer types, in aggregated cytogenetic data. PLoS One. 2012;7(8):e43689
(* 通讯作者)
